组织机构
| 党委办公室 | 党委组织部 | 党委宣传部 |
| 党委统战部 | 党委教师工作部 | 党委学生部 |
| 党委研究生工作部 | 党委离退休工作部 | 党委保卫部 |
| 党委武装部 （国防教育与人才培养办公室） |
党委巡察工作办公室 | 纪委办公室 |
| 工会 | 共青团委员会 | |
| 校长办公室 | 教务处 | 研究生院 |
| 科研院 | 文科建设处 |
发展规划处 (学科规划与建设办公室) |
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国际合作与交流处
港澳台办公室 |
人事处 | 学生处 |
| 终身教育处 | 离退休工作处 | 实验室管理处 |
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总会计师办公室 经营性资产管理办公室 |
财务处 | 监察室 |
| 审计室 | 基建规划处 | 资产管理处 |
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总务长办公室
后勤管理处 |
保卫处 | 新闻中心 |
| 信息化工作办公室 | 政策研究室 |
文化建设办公室 （文物保护办公室） |
| 法治与法务办公室 | ||
| 先进技术院 | 人才资源开发办公室 | 会计核算中心 |
| 房屋管理服务中心 | 保密管理办公室 | 国内合作办公室 |
| 注册中心 | 招生办公室（本科） | 研究生招生办公室 |
| 学生职业发展指导中心 | 教师发展中心 | 职工发展中心 |
| 档案馆 |
校史研究室 （党史研究室、校史馆） |
图书馆 |
| 信息化技术中心 | 艺术博物馆 | 科学博物馆（筹） |
| 技术转移研究院 | 智库中心 | 出版社 |
| 接待服务中心 | 修缮校园管理中心 | 饮食服务中心 |
| 学生社区管理服务中心 | 清华大学医院 | 校友工作办公室 清华校友总会 |
| 清华大学教育基金会 | 清华大学附属中学 | 清华大学附属小学 |
| 清华大学洁华幼儿园 |
北京华信医院 （清华大学第一附属医院） |
清华大学玉泉医院 （清华大学第二附属医院） |
| 北京清华长庚医院 | ||
| 清华园街道办事处 | 清华控股有限公司 | |
| 深圳清华大学研究院 | 北京清华工业开发研究院 | 河北清华发展研究院 |
| 浙江清华长三角研究院 | 清华海峡研究院 | 清华珠三角研究院 |
| 上海清华国际创新中心 |