为鼓励广大研究生勤奋钻研、勇于创新、全面发展，学校设立研究生奖学金。结合学校提出的价值塑造、能力培养、知识传授的“三位一体”育人理念制定评定办法，坚持以德为先，综合考虑研究生在德、智、体、美、劳等方面的表现，切实发挥奖学金的奖优激励和培养育人作用。奖项类型包括：特等奖学金、蒋南翔奖学金、“一二·九”奖学金、王大中奖学金、国家奖学金、综合优秀奖学金（一等、二等）、单项奖学金及院（系）管奖学金等。
为鼓励和表彰在清华大学攻读博士、硕士学位期间取得优异成绩的毕业研究生，开展“清华大学优秀博士、硕士毕业生”评选工作，每年春季学期进行。开展“北京市优秀毕业生”的评选推荐工作，每年春季和秋季学期进行。
