与本科阶段的学习以知识传授与技能训练为主不同，研究生阶段、特别是博士生阶段的学习是主动创造知识的过程，而学术交流则是同学们获取知识、探索真理、辨别真伪、碰撞新思想的重要途径。特别是跨学科的学术交流和思维交锋，是开拓思路、了解前沿学术课题和研究方法的有效途径。
2002年，考虑到当时国内和国际学术会议数量较少、质量参差不齐，博士研究生参加学术会议并作学术报告的机会不多，清华大学首创性地举办了第一期校内博士生学术论坛，旨在为博士生提供更多的学术交流机会。随后，这一论坛开始由各院系的研究生会轮流承办，以专家学者特邀报告、博士生论文宣讲和张贴、分组讨论、主题沙龙等形式为主，迄今已成功举办超过400期，参与师生累计超过4万人次。
2003年10月，清华大学发起并成功承办了首届全国博士生学术论坛，得到了北京大学、复旦大学、中国科学院研究生院、中国科学技术大学、浙江大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学、南开大学等全国35所高校的博士生的积极响应。以此为开端，每年一届的全国博士生学术论坛由国务院学位委员会办公室、教育部学位管理与研究生教育司共同主办，各高校以分别举办分论坛的形式联合承办。
2005年，由清华大学研究生院发起的国际论坛正式启动。至今，国际论坛已成功举办七届，其中2011年7月清华大学举办的第十二届环太平洋大学联盟博士生论坛以“推动环太平洋地区可持续的和谐发展”为主题，为来自14个国家和地区、30所大学的105位博士生共同探讨环太平洋和谐发展的提供了高层次学术交流平台，也藉此向世界展示了百年清华的风采。
此后，清华大学又在校内先后创办“博士生专题论坛”和“两岸论坛”。其中，博士生专题论坛创办于2006年5月，旨在打破院系壁垒、促进跨学科交流，开阔学术研究视角，让同一领域、不同学术背景的优秀博士生围绕同一专题展开深层次、多角度、全方位的交流和探讨。“两岸论坛”创办于清华百年校庆期间，由两岸清华轮流举办，构筑起两岸清华博士生学术交流的舞台。
经过十余年的发展，博士生学术论坛已成为清华学术文化的重要组成部分，为促进师生之间、同学之间的学术交流，营造学术氛围、养成交流习惯、提高表达能力发挥了积极的作用。如今，博士生学术论坛已经逐步建立起包括校内论坛、专题论坛、两岸论坛、全国论坛、国际论坛在内的横纵结合的五级体系，有效地帮助博士生拓宽科研思路，增加知识储备，锻炼表达能力，成为清华大学博士生培养的重要环节。
