1926年，清华学校设立大学部，化学系由此建系，至今已经整整90年。其间，虽然几经变迁、甚至一度中断，但清华化学系的学科发展并未真正停止。清华化学人也始终秉持老清华化学系的优良传统和“自强不息、厚德载物”的清华精神，在教学和科研领域均做出了巨大成绩，现在已重新成为国内最重要的化学科学研究和人才培养基地之一，成为在国际上有一定影响的化学系科。
建系早期，清华大学化学系的第一任系主任为杨光弼教授，第二任为高崇熙教授。初创时期化学系设四年制本科，1929年第一届本科生共14人毕业。1931年化学系设立化学研究所，同年招收二年制研究生。这一时期毕业的本科生及研究生中，后来当选为中国科学院院士的有张大煜、袁翰青、张青莲、高振衡、冯新德、时钧、汪德熙、武迟、陈冠荣、王世真等化学界前辈。抗日战争南迁期间，清华、北大、南开三校化学系合并，又共同培养出朱亚杰、肖伦、曹本熹、唐敖庆、何炳林、张滂、陈茹玉、申泮文、黄培云等著名学者。新中国成立后，1952年高校院系调整将清华化学系的大部分教授、学生转入北京大学。在调整之前，清华大学化学系已是当时国内学术水平最高的化学系之一。
1978年，清华大学在化工系恢复招收“物理化学及仪器分析”专业学生，并于1985年11月正式复建化学系。复系后的化学系于1990年建立物理化学博士点，2000年成为化学一级学科博士点，2001年设立了博士后流动站。经过30年的奋斗和耕耘，清华化学系已成为我国重要的化学研究和人才培养基地。
现在的清华大学化学系下设无机化学、有机化学、分析化学、物理化学、高分子化学与物理五个研究所。此外还设有纳米与材料化学、化学生物学、有机电子学、理论化学和超分子化学五个交叉学科和一个实体的基础分子科学中心、两个教育部重点实验室。化学系的科研方向不仅涵盖了现代化学的各主要领域，而且也包括了21世纪化学发展的最新生长点，如：化学基础分子科学研究，生命过程中的化学问题，复杂样品分析新方法与新仪器，有机光电子材料与器件，新型晶体功能材料，超分子自组装和纳米结构材料，分子药物的合成与中药复方的现代化学分析，导电高分子材料的合成与性能，以新能源及环境保护为目标的新催化系统等等。
清华大学化学系现有教职员工逾百人，其中中科院院士5人，同时还聘请了国内外十多位著名学者担任双聘教授、兼职教授和客座教授，一批高水平的中青年教师已成为教学和科研的骨干力量。化学系拥有众多大中型仪器设备，承担大量国家级、省部级课题研究工作，并获得多项奖励。在人才培养上，化学系一贯倡导理论教学与实践教学相结合的原则，积极探索交叉型科研人才的培养模式，本科生打下扎实基础，研究生直接参与国际前沿课题的研究，使教学水平和人才培养质量大大提高。
面向未来，清华大学化学系全系师生热忱地欢迎有志于在化学领域耕耘的莘莘学子来学习深造，同时也希望来自国内外的优秀青年化学家加入，共同为培养我国的优秀化学人才和发展我国的化学研究与教育事业，为早日达到世界一流而努力！
