药学在国际上被认为是“永不衰落的朝阳产业”，其发展与人们的生命健康直接相关，尤其是近年来全球人口老龄化问题日趋严重，个人对于医药需求不断增加，这给药学发展带来新的契机。2015年12月，清华大学药学院正式成立。
为满足现代高端药学人才的需求，清华大学于2009年正式设立药学本科学位授予点，并以此为契机整合医学、生物、工程、化学等多学科的优势，开始招收“医学药学实验班”，旨在培养国家药学领域高端人才。2012年，清华大学医学院药学系成立，这就是清华大学药学院（简称清华药学院）的前身。
清华药学院立志于通过开发药学前沿技术、推动创新型药物研发、发展新型疾病治疗方法来改善人类健康，并提高清华医药研究在国际上的整体影响力。药学院致力于培养高端医药人才，通过新技术与思维培养、创新能力与科研能力培训，使未来的药学科学家既具有精湛的专业知识，又能用科学而创造性的方法解决目前药物研发中所面临的挑战。在科学研究方面，将加强在生物学技术和药物研究领域的科研实力，通过院系间、校际间、国家间开放的高质量合作，逐渐培养新的经济发展集群。
首任院长、干细胞化学生物学家丁胜教授表示，清华药学院将围绕“生命、疾病、药物”三个重点科研方向，探索解决药学中的关键生物学问题、药学关键技术研究以及疾病研究与靶向治疗。成立伊始，清华药学院即与比尔及梅琳达·盖茨基金会签署合作备忘录，在京联合成立“全球健康药物研发中心（北京）”。该中心将针对包括中国在内的发展中国家面临的突出疾病挑战，充分发挥中国研发各方面的优势，开展国际药物研发合作，进一步完善、强化早期药物研发的实效体系，成为连接全球药物先期研发前沿机构与临床开发单位的枢纽。此外，清华药学院还将与香港地区进行多方面的探讨，共同推进基础研究、药物研发、人才培养等领域的合作。
