工程硕博士培养改革专项以培养卓越工程师后备人才为目标,旨在调动高校和企业两个积极性，促进产学研深度融合，提高工程硕博士培养质量。专项于2022年启动招生,聚焦国家重大战略需求,支撑产业链安全,着力打造一支政治坚定、爱党报国，理学基础理论功底扎实、工学专业技术能力和水平突出，具备较强工程技术创新创造能力,善于解决复杂工程技术难题，国际视野宽阔，扎根工程实践和生产一线的高水平工程师队伍。
工程硕博士培养改革专项坚持联合培养，由学校与企业共同承担培养工作，培养过程采取工学交替模式，采取校企导师组指导制度，采用课程学习、专业实践、学位论文相结合的培养方式。
创新领军工程博士项目
清华大学创新领军工程博士项目服务于国家创新驱动发展战略，全面落实党的教育方针，紧密结合我国经济社会和科技发展需要，面向国家重点行业、地区、创新型企业招收攻读工程类博士专业学位研究生，旨在培养具有坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识，具备解决复杂工程技术问题、进行工程技术创新以及规划和组织实施工程技术研究开发工作的能力，能够做出创新性成果的创新领军人才，构建工程高端人才培养新格局。
清华大学创新领军工程博士项目于2018年设立，2020年实现了从电子与信息、先进制造、能源与环保三大领域到电子信息、机械、材料与化工、资源与环境、能源动力、土木水利六大类别的转变，2022年新增生物与医药类别。目前已完成包括清华大学创新领军工程博士（1-6期），以及服务于区域协同发展的粤港澳大湾区项目、西南地区项目和助力重点产业发展的重点领域项目、集成电路项目、公共卫生与健康项目、先进技术项目布局，校内培养院系扩展到25个，学生规模增加至每年近四百人，逐渐形成跨界交叉、融合创新的培养特色。
全国重点实验室研究生项目
清华大学全国重点实验室全日制工程专业学位博士研究生项目聚焦国家重大战略要求，紧密联系行业领军企业，开展前瞻性、战略性长周期合作，结合承担的重大科研任务，培养面向行业需求的专业学位研究生，服务高水平创新型工程人才培养。全国重点实验室研究生项目于2023年启动招生。
