医学院现招收生物医学工程学科的本科生、硕士研究生、博士研究生和工程硕士研究生，招收生物学学科的硕士研究生与博士研究生，招收临床医学的硕士研究生（内科、外科），招收药理学硕士研究生。医学院教学围绕对上述学生的全面培养，针对不同学科制订了相应的培养方案和教学计划。

目前与协和医科大学紧密合作，医预阶段（2.5年）在清华培养，基础医学和临床医学在协和培养，学生毕业后证书上盖清华大学及北京协和医学院印章。

我校生物医学工程专业创办于1979年，并自1982年开始招收本科生，目前已经建设为具有本科、硕士、博士授予权的一级学科，并建有博士后流动站。2001年被评为全国重点学科。目前生物医学工程系已经培养出近600名本科生毕业，200多名研究生毕业。现有在校本科生120余人，研究生约100人。

生物医学工程系专业实行“本硕统筹”的培养模式，本科学制为4年，60%以上的本科毕业学生具有直接攻读硕士和博士研究生的机会。生物医学工程专业以电子技术系列课程为主干课程，此外，还开设生物医学工程方面的专业课程，学生具有较强的独立工作能力，能适应和解决生物医学工程领域以及其它领域中的电子技术应用问题。高年级学生可以到各个研究室参加教师的科研工作，培养实际科研能力。该系各学科方向与国内外大学和科研机构有着广泛联系与合作，学生毕业后的就业去向包括高等院校、科研院所、卫生体育部门等领域，学生也可以继续出国深造。

清华大学医学院还培养生物学学科的硕士研究生与博士研究生，主要研究方向包括：学习与记忆研究、生物物理学、生物化学与分子生物学、癌症与表观遗传学、分子生物学及生物信息学、细胞生物学及医学免疫学、生理及血管医学、神经生物学等。