----北京清华工业开发研究院在机制创新方面坚持“双孵化”模式，即坚持成果孵化和企业孵化的结合。“双孵化”过程中的“孵化企业”是实施科技成果产业化的关键一步。一般而言，“孵化企业”可以分为三个阶段，即孵育期、成长期和发展期。工业开发研究院“孵化企业”运作中，在孵育期充分利用了政府资金的引导作用。由于对项目的成功筛选和认真孵育，“下孵企业”可以顺利通过孵育期，进入成长期。这对于社会投资机构规避风险，加大对进入成长期的“孵化企业”的投资力度，提供了有利的保障。
----“孵化企业”过程中政府孵育资金的作用是十分明显的。工业开发研究院重点孵化企业，投入孵育资金170万元，引进资金8850万元，带动比率为1：52.1，2003年重点孵化企业形成产值（合同额）14500万元，已顺利进入“成长期”。
----★北京清华工业开发研究院组织孵化企业—北京中惠药业有限公司，注册资本3000万元，其中渗透泵控释技术及装备、透皮控释技术及装备等的知识产权所占股比为40%。2002年9月，北京中惠药业有限公司研制的沙丁胺醇渗透泵制剂产品获得由国家医药监督管理局（SDA）颁发的“硫酸沙丁胺醇控释片”新药证书，产品技术达到国际先进水平。在2002年10月首届“全国新型给药技术与中药现代化学术研讨会”上，中惠药业公司在渗透泵控释制剂、透皮控释制剂、结肠定位制剂等技术及产品，得到了与会专家学者的高度评价。认为通过发展新型给药技术，将会促进我国传统中药走向世界，为实现中药现代化闯出了一条新路。目前公司在中关村科技园区永丰高新技术产业区建设控释制剂生产基地，计划于2003年6月竣工交付使用。该项目占地20亩，建成符合GMP标准厂房12000平方米，形成年产能力在3亿片以上的控缓释制剂生产车间。该项目的投产运行，将填补国内渗透泵控释技术产业化的空白，为北京新医药、新材料产业的发展做出重要贡献。
----★北京庆安宏达生物工程技术有限公司是北京清华工业开发研究院重点孵化企业之一。公司在中关村高新技术产业区注册。主要从事工业规模分离纯化及设备的开发、生产及销售。2001年以来，公司在工研院的支持下进行全面改组，引入新的战略投资者，加强技术集成和深度开发，开拓国际市场，取得一系列可喜成果。
----具有自主知识产权的核心技术－抗癌药物紫杉醇的精密分离已顺利实现产业化，产品直接供药厂用于紫杉醇注射液的生产。此项技术的应用，提高了产品的分离效率，大幅度降低了原料药成本，在全球范围内具有比较优势。目前，此核心技术又给一家美国药厂“授权使用”，未来10年内公司将获“授权使用费”约1亿元人民币。
----北京庆安宏达生物工程技术有限公司对冠心病治疗药物环维黄杨宁D提取纯化，制备高纯产品的质量指标，大大超过药典标准，使公司在技术上掌握价值链中最关键环节，成为事实上的“行业标准”制定者，将引发业内产业重新整合、价值转移。公司在其它植物有效成分提取，如：茄尼醇、茶多酚、三七皂甙等精密分离提纯技术上均已取得进展，开拓了中药现代化的重要途径。
----★由北京市科委支持，由北京清华工业开发研究院组织孵化、北京浩志科技发展有限公司完成的“全数字化医用超声诊断仪”项目通过专家技术评议。在国内率先试制成功的全数字化医用超声诊断仪，技术起点高，设计思想先进，采用最先进的FPGA技术和基于PC平台设计，形成了自主知识产权。该项技术属国内首创，达到国际先进水平。 全数字化医用超声诊断仪的成功研制，受到国家计委、科技部和北京市科委的高度重视。在北京清华工业开发研究院的直接组织下，重新组建北京天惠华科技发展有限公司，实现增资扩股，为加速技术创新成果的产业化提供了基础。在2002年11月医博会上，天惠华公司成功推出了TEKNOVA TH-600、TH-500两款全数字超声检测仪及医学超声影像工作站、三维超声影像工作站等四个产品。目前已自行设计建成了年产200台的小型生产装配线，首批10台全数字化超声检测仪日前已经下线，市场供不应求。本次推出的系列产品以其一流的技术水平、优异的图像性能和精致的外观设计引起了行业内的巨大反响，标志着我国自行研制的全数字超声检测仪，已成功地实现了产业化。