在科研机构建设方面，21世纪发展研究院以“小实体、大联合”的方式，与国家各部门、地方政府、国外机构及校内其他院系合作建立了若干高层次、交叉性研究中心。其中较具代表性的有：
　

中国科学院—清华大学国情研究中心（清华大学与中国科学院合作）
中国科学院－清华大学国情研究中心（Center for China Study, CCS），前身为中国科学院国情研究中心。2000年，中国科学院与清华大学签署合作协议，成立中国科学院—清华大学国情研究中心，由著名国情专家胡鞍钢教授担任中心主任。中心理念为：与中国发展同行，与中国开放相伴，与中国变革俱进，与中国兴盛共存。成立以来，先后参与多项国家重大决策研究与建议工作，很多研究成果被国家参考或采纳。出版的《国情报告》系列已成为中央和地方政府决策的重要参考资料。在胡鞍钢教授的带领下，该中心已经初步成为国家高层决策的科学思想库和在国内外具有重要影响的发展战略与政策研究中心。

　

清华大学中国科学技术政策研究中心（清华大学与国家科技部共建）

清华大学中国科学技术政策研究中心（China Institute for Science and Technology Policy at Tsinghua University, CISTP）是2003年由国家科学技术部与清华大学联合成立的科技政策与发展战略研究机构。中心定位为“高起点、宽视野、前瞻性、国际化”，围绕科教兴国战略、可持续发展战略和国家长远发展目标，在国际科技发展趋势、国家科技发展战略及相关公共政策领域开展理论和应用研究，目标是逐步发展成为在科技发展战略和政策领域，为国家及相关部委提供决策咨询及政策建议的世界一流研究基地和思想库。中心名誉理事长为前国家科委主任宋健，理事长为科技部副部长李学勇，薛澜教授担任中心主任。

　

清华大学科技－教育发展战略研究中心 （清华大学与国家教育部共建）

清华大学科技－教育发展战略研究中心（Research Center for Science and Education Policy, Tsinghua University）是2005年由清华大学校务委员会批准设立的教育部战略研究基地，接受教育部和清华大学共同领导。中心的主要使命是围绕科教兴国战略，开展科技、教育发展战略与公共政策研究，为教育部和国家决策部门提供高质量的政策研究报告和咨询建议。中心集中了清华大学公共管理学院、21世纪发展研究院以及教育研究所的科研力量，挂靠清华大学公共管理学院和21世纪发展研究院。清华大学校长顾秉林院士担任中心学术委员会主任，公共管理学院教授、清华大学文科建设处处长苏竣教授担任中心主任。

　

清华大学中国发展规划研究中心[筹] （清华大学与国家发改委共建）
清华大学中国发展规划研究中心（China Institute for Development Planning at Tsinghua University, CIDP），是由国家发展和改革委员会与清华大学联合共建的清华大学校级研究中心。中心定位为“高层次、开放式、前瞻性”，围绕国民经济与社会发展战略和全面建设小康社会的目标，在国民经济和社会中长期发展规划，经济社会发展专项规划、区域规划，推进城镇化的发展战略和重大政策措施等方面开展理论和应用研究，中心目标是逐步发展成为国民经济与社会发展战略和政策领域的重要研究基地和思想库。
　

产业发展与环境治理研究中心（丰田公司资助成立）
产业发展与环境治理研究中心（Center for Industrial Development and Environmental Governance，CIDEG）成立于2005年9月27日。中心致力于产业发展、环境治理与制度变迁领域的政策研究、学术交流、研究生教育及在职人员培训，旨在提高中国公共政策与治理的研究和教育的水平，促进学术界、产业界、非政府组织及政府部门之间的沟通、理解和协作。斯坦福大学名誉教授青木昌彦先生与国务院发展研究中心研究员吴敬琏先生担任中心首席学术顾问，陈清泰先生担任中心理事长，薛澜教授担任中心主任。