21世纪发展研究院采取“小实体、大联合”的组织体制，广泛联合校内外、国内外有关单位，综合学科交叉优势，开展跨学科的发展战略研究。

研究院设院务委员会、学术委员会、综合研究部及若干专设研究中心和跨院系研究机构及课题组。研究院院长由国务院发展研究中心原党组书记、副主任陈清泰教授担任，常务副院长由薛澜教授担任。

研究院日常工作由综合研究部协助院长、副院长开展。