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| 研究院（所）（41个） |
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核能技术设计研究院 |
微电子学研究所 |
环境工程设计研究院 |
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生命科学与工程研究院 |
城市规划设计研究院 |
材料科学研究院 |
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联合应用化学与化学工程研究所 |
水利水电科学研究院 |
电工研究所 |
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电子工程研究院 |
工程力学研究所 |
工程热物理研究所 |
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技术物理研究所 |
汽车研究所 |
工程物理研究所 |
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现代应用物理研究所 |
结构工程研究所 |
建筑与城市研究所 |
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生物医学工程研究所 |
技术经济与能源系统分析研究所 |
教育研究所 |
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思想文化研究所 |
综合信息网络技术研究所 |
国际汉学研究所 |
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地球物理信号处理与识别研究所 |
科学技术史暨古文献研究所 |
房地产研究所 |
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北京清华医学科学研究院 |
科学技术与社会研究所 |
系统工程研究所 |
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集成电路开发和工业性实验线 |
地震波研究所 |
经济学研究所 |
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国际问题研究所 |
21世纪发展研究院 |
校史研究室 |
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中日友好医学研究所 |
药物研究所 |
深圳清华大学研究院 |
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北京-清华工业开发研究院 |
河北清华发展研究院 |
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| 研究中心（35个） |
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国家计算机集成制造系统(CIMS)工程研究中心 |
电力电子工程研究中心 |
高等研究中心 |
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北京清华液晶技术工程研究中心 |
天然再生资源工程研究中心 |
汽车工程研究中心 |
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贝氏体钢研究及推广中心 |
核仪器及应用核技术研究中心 |
思想教育研究中心 |
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光盘系统及应用技术国家工程研究中心 |
智能控制工程研究中心 |
人居环境研究中心 |
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工业锅炉及民用煤清洁燃烧国家工程研究中心 |
信息网络工程研究中心 |
中国经济研究中心 |
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单原子、分子测控科学与技术研究中心 |
体育与健康科学研究中心 |
宇航技术研究中心 |
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国家CAD支撑软件工程技术研究中心 |
医药工程技术研究中心 |
商法研究中心 |
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复杂网络系统及智能优化研究中心 |
微米／纳米技术研究中心 |
民法研究中心 |
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中国金融研究中心 |
生物芯片北京国家工程研究中心 |
法治与人权研究中心 |
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国土矿产资源与利用研究中心 |
海洋科学与工程研究中心 |
知识产权法研究中心 |
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周培源应用数学研究中心 |
艺术与科学研究中心 |
日本法研究中心 |
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清华－富士康纳米科技研究中心 |
天体物理中心 |
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